オンラインストアの決済代行・カートサービス比較!STORES、BASE、そしてShopifyを徹底解説【2026年最新版】

オンラインストアを運営する際、避けて通れないのが「どのプラットフォームを使うか」という選択です。特に国内2大巨頭のSTORESBASEに加え、今や無視できない存在となった世界シェアNO.1のShopify

「結局どれが一番売れるの?」「手数料で損したくない!」という方のために、2026年現在の最新トレンドを交えて徹底比較します。


目次

STORES:コストパフォーマンスと実店舗連携の神

STORESは、サービス開始当初から一貫して「シンプルさ」と「低コスト」を武器にしています。

  • 無料プランの圧倒的強さ2026年現在も、初期費用・月額費用0円のフリープランは健在。決済手数料も約5%と、BASEのスタンダードプランと比較して安く抑えられるのが魅力です。
  • 実店舗との「オムニチャネル」連携「STORES 決済(旧Coiney)」との連携が非常に強力です。ネットショップと実店舗の在庫をリアルタイムで一元管理できるため、「ポップアップストアを頻繁に開く」というブランドには最強の味方です。
  • 管理画面の潔さ機能が多すぎて迷うことがありません。ITに詳しくない方でも、スマホ一台で商品の出品から発送まで完結できます。

💡

「STORESは、派手な機能よりも『商売の基本』を大事にしたい職人気質なオーナーさんに好まれています。無駄な固定費を削りたいなら、まずはここから!」


BASE:圧倒的な集客支援と拡張性

BASEは単なるカート作成ツールから、独自の経済圏を持つ「売るためのプラットフォーム」へと進化しました。

  • 「Pay ID(旧BASEアプリ)」の集客力BASEで購入したことがあるユーザー(数千万規模)が使う「Pay ID」アプリ。ここからの流入が期待できるのは、BASE独自の強みです。
  • 「BASE Apps」による柔軟なカスタマイズ「抽選販売」「予約販売」「独自のポイント付与」など、必要な機能をスマホのアプリのように追加できます。
  • 手数料体系の選択肢売上が少ない時は「スタンダードプラン(月額0円)」、売上が伸びてきたら月額費用を払って決済手数料を下げる「グロースプラン」と、成長段階に合わせて切り替えが可能です。

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「デザインテンプレートがとにかくオシャレ!ブランドの世界観を崩さずに、直感的にショップを作りたいならBASE一択。最近はAIによる商品説明文作成やSNS広告運用サポートもかなり進化していますよ。」


【2026年版 追記】Shopify:本格派・越境ECならこれ

以前の比較記事にはなかった要素として、今や外せないのがShopify(ショッピファイ)です。

  • 世界標準の決済システムApple PayやGoogle Payはもちろん、世界中の決済手段に対応。海外販売(越境EC)を視野に入れているなら、Shopify以外の選択肢はないと言っても過言ではありません。
  • 無限の拡張性数千種類あるアプリを組み合わせることで、もはや「できないことはない」レベルのカスタマイズが可能です。
  • 強固なインフラテレビ番組やSNSでバズってアクセスが集中しても、サーバーが落ちにくい強固なシステムを誇ります。

主要3サービスの比較表(2026年3月時点)

項目STORESBASEShopify
初期・月額費用0円〜0円〜約$33〜 (Basic)
決済手数料3.6% 〜 5%3.6% + 40円 〜 6.6% + 40円3.4% 〜 4.1%
主なターゲット初心者、実店舗併用初心者、ブランド重視中〜上級者、グローバル展開
デザイン性シンプル・清潔感自由度が高い・トレンドプロ仕様・フルカスタム可能

あなたに最適なサービスはどれ?

2026年のネットショップ運営は、「どこで作るか」よりも「どうやってリピーターを作るか」が勝負の分かれ目です。

  • とにかく安く、実店舗と在庫を合わせたいなら ➔ STORES
  • SNSを活用し、独自のファンコミュニティを作りたいなら ➔ BASE
  • 将来的に月商数百万円を目指し、海外にも売りたいなら ➔ Shopify

まずは、自分が「どんな規模で、誰に売りたいか」を紙に書き出してみてください。それが決まれば、自ずと選ぶべきパートナーは見えてくるはずです。

【番外編】世界を相手にするなら必須?「Payoneer」という選択肢

STORESやBASEは「日本国内の決済」に強いですが、もしあなたが**「海外のお客さんに売りたい」**と考えているなら、Payoneerは避けて通れないキーワードです。

Payoneer(ペイオニア)とは何か?

一言で言えば、「世界中の代金を受け取るための、クラウド上のマルチ通貨口座」です。 通常、海外のプラットフォーム(Amazon.comやeBay、Shopeeなど)で販売した代金を日本の銀行口座で直接受け取ろうとすると、高額な為替手数料や中継銀行手数料が発生し、利益がガリガリ削られてしまいます。

Payoneerを使えば、現地通貨(ドルやユーロなど)でそのまま受け取り、円安のタイミングを見計らって日本の口座へ引き出すといった「賢い資金管理」が可能になります。

Shopifyとの相性が抜群

前述したShopifyを利用して越境ECを行う場合、Payoneerは強力なパートナーになります。

  • 外貨受取のハブ: 海外の決済ゲートウェイと連携し、売上をドルで保持できる。
  • 仕入れへの充当: Payoneerカード(カード決済機能)を使えば、受け取ったドルをそのまま海外の広告費や仕入れ代金の支払いに充てられるため、無駄な両替コストをゼロにできます。

STORESやBASEでは使えるの?

ここが注意点です。

  • STORES・BASE: 基本的に「日本国内向け」のサービスであるため、決済代金は日本の銀行口座に「円」で振り込まれるのが原則です。そのため、Payoneerを直接の受取口座に指定するメリットは現時点では薄いです。
  • 独自ドメイン・グローバル展開: 「まずはBASEで始めて、売れてきたからShopifyに移行してPayoneerで世界へ!」というステップアップが2026年の王道ルートになっています。

💡 「Payoneerは単なる『決済代行』というより、『世界のお財布』に近い存在です。円安が続く2026年、外貨で売上を持って、円が安い時に引き出す……これだけで数%の利益差が出ることも。海外販売を1ミリでも考えているなら、アカウントだけは作っておくのが定石ですね!」


まとめ

今回のブログ記事にPayoneerを加えるなら、以下のような構成がベストです。

  1. 国内手軽派: STORES / BASE
  2. 本格カスタマイズ派: Shopify
  3. 世界を狙う収益最大化派: Shopify × Payoneer
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